處長之下置副處長1人,協助處長處理處務;主任工程師1人,承處長之命處理工程技術事宜;並設工務、管理、財務、總務等4組,各置組長1人及人力資源、主計、輔導、資訊等4室,各置主任1人,為推展營運與管理,設9個工作站,負責執行灌溉管理及設施維護等業務。