一、查漁業權漁業係在主管機關所核准之水域範圍內有經營一定漁業之權利，其雖視為物權，但漁業權所屬之水域，究與土地、房屋等不動產法律性質有異，是專用漁業權人並無法排除該專用漁業權水域內其他合法權利之行使，因此專用漁業權並不能排除船舶無害航行之權利，惟船舶在航行時，不得有故意或妨礙漁業行為。另任何船舶之航行皆需遵守船舶避碰規則之規定，而漁船漁撈作業時，其所佈設之漁具必需有清楚明顯之標識，俾以維護航行安全。 

二、在專用漁業權海域內，漁民作業與船舶航行應本誠信原則行使其權利，不得有故意或過失侵害他人權利、或故意以背於善良風俗之方法，加損害於他方之情形，倘有之，有故意或過失之一方，對因而受損害之他方，仍須負民法第一百八十四條規定之損害賠償責任；至於雙方發生損害之責任歸屬則需由交通部各港務局之海事評議委員會或法院裁定。 

﹝中華民國九十二年二月十九日行政院農業委員會漁業署漁四字第○九二一二○二九七四號函﹞