因應COVID-19疫情驟升,為嚴防群聚風險影響公務作業運作，行政院農業委員會農田水利署於111年4月13日召開各管理處分區辦公實施(視訊)會議,討論各管理處實施分區辦公時程及各管理處核心業務(如:水庫操作、閘門操作、防汛作業)因應同仁染疫應變方案。

花蓮管理處於111年4月18日啟動實施分區辦公,由處長與防疫長(副處長)指揮部署分區辦公相關措施：

會議室改設第二辦公室並保持安全間距辦公,各樓層單一出入口以確實掌握出入人員，洽公訪客除要求確實配掛口罩(未戴口罩者拒絕其進入並通知衛生、警方單位處理)並落實實聯制登記、體溫測量、手部酒精消毒等防護措施外,洽公訪客統一候留會客室，由管理組人員通報承辦人員接洽,同時保持社交距離，非公務訪客不得進入辦公場域。並確認機關相關軟、硬體設備運作順暢足以因應所需，處本部及八工作站均依規定辦理。