本管理處依農田水利法規定設置處長1人統籌全處業務，下設一級主管副處長、專門委員及主任工程師，分設4組4室分工協助業務推展，為便於農民與本處溝通聯繫於各地區分別設立8處水利工作站，提供在地服務及事業區域管理。

本處設有管理組、總務組、財務組、工務組，人力資源室、主計室、輔導室、資訊室

水利工作站之地區為新城工作站、吉安工作站、壽豐工作站、鳳林工作站、光復工作站、瑞穗工作站、玉里工作站、富里工作站

組    織    架    構    圖