獎勵休漁，緣於因我國91年加入WTO後，面臨國際間要求取消直接生產性補貼壓力，爰農委會研提「漁業動力用油優惠油價調整措施」，報奉行政院於91年1月2日同意採分階段調降漁業動力用油補貼，並自同年9月1日起由原補貼28%調降至14%。調降補貼比例後，將增加漁民購油支出，為鼓勵漁民集中在漁業資源密度之高峰期作業，離峰期在港休漁，藉以減少用油量，辦理休漁獎勵措施。
自願性休漁係漁船(筏)主自願性調整每年出海作業日數90日及在港休漁日數120日；107年12月7日立法院三讀通過並經總統於同年12月26日公布：漁業法第59-1條，為鼓勵漁民自願性休漁及獎勵漁民遵守中央主管機關依第37條或第44條所定每年2個月以上之禁漁期，中央主管機關每年應編列漁船年度自願性休漁及禁漁獎勵金。前項自願性休漁及禁漁期間之獎勵，其申請資格、條件、應備文件、程序、期限、獎勵金額、核給方式、廢止條件及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
另其附帶決議，自108年度起，符合休漁獎勵條件之單一漁船、舢舨及漁筏之獎勵金為新臺幣2萬元，另漁船依其噸數計算，每噸加發新臺幣1,500元，以新臺幣20萬元為上限。
參與休漁船數自92年開始辦理獎勵休漁參與船數為5,620艘次逐年增加至105年10,302艘次之高峰；近2年因申領獎勵金所要求之休漁天數較往年增加，致符合條件之漁船數呈小幅減少，但對降低漁獲努力量、資源合理利用及漁民福利均有正面效益，漁船主申請獎勵休漁之艘數平均約9,900艘左右；由於國際油價持續高漲，為兼顧漁民經營漁業之需，我國仍維持用油補貼為14%。另，漁業署推動符合WTO規範所允許綠色補貼之休漁獎勵，藉以養護漁業資源，及減少高油價對漁業造成衝擊；並逐步針對特定經濟性魚種訂定禁漁期、禁漁區、漁船總船數、作業海域及總容許漁獲量之限制，推動漁業資源管理。